존 토마스 선교사는 한국성결교회의 전신인 복음전도관 초대 감독으로 1910년부터 10년간 경성성서학원 원장까지 겸임한 성결교회의 공로자이다. 성서학원 방학 중에는 직접 전국교회들을 순회하고 교회 개척지를 물색하는 등 매우 바쁘게 일했다.

1919년 3.1운동이 있던 해 7월, 충남 부여 지역의 몇 교회를 거쳐 1년 전에 세워진 강경전도관을 둘러보러 강경에 갔다. 통역하는 목사와 함께 저녁식사를 한 후 강경 읍내가 한눈에 내려다 보이는 봉황재에 올랐다. 아름다운 경치에 자기도 모르게 입에서는 찬송가가 흘러 나왔다.
그때, 난데없이 일본경찰들이 나타나 무조건 주먹으로 치고 발로 차며 경찰서로 끌고 갔다. 경찰은 토마스 목사를 ‘강경읍내의 경찰서와 일본 관청의 배치를 염탐하는 스파이’로 몰았고, 조선 사람들을 선동하는 죄를 뒤집어 씌워 몽둥이로 때리며 고문했다.

당시 전국에서 발발한 3.1운동으로 신경이 날카로워진 일본경찰이었다. 그렇지만 끝내 아무 죄가 없음이 밝혀지자 6시간 만에 석방하였다. 본래 약한 몸에 이런 뜻밖의 수난을 당한 그는 건강이 날로 나빠져서 1920년에 정양을 위해 영국 고향으로 돌아갔다. 이런 사건을 알게 된 영국정부에서 일본 정부에 강력하게 항의하여 고문으로 인한 상처 치료비 보상을 일본 정부로부터 받아냈다.

그가 일년 후, 건강이 회복되어 한국으로 다시 돌아오려 했지만 조선총독부에서 그의 입국을 거절했다. 그는 우편으로 감독과 성서학원 원장직 사표를 낸 후, 부흥사로 유럽과 미국을 순회하며 한국교회 발전을 위해 후원자로 활동하다 1932년 64세 늙은 몸으로 겨우 다시 한국을 찾아와서 감격의 눈물을 흘렸다(마 5:10-12).