예장통합의 이단 사면 선포와 철회, 총회 현장에서의 원천 무효 결의 등 일련의 사건들은 해당 교단으로서는 망신을 당한 일이었고, 한국교회 전체로 봤을 때는 절차를 지키지 않은 무리한 이단 관련 결의의 폐해를 드러낸 것이었다. 

예장통합은 국내 여러 교단들이 이단이라고 정죄했던 이명범, 변승우, 김기동, 故 박윤식 씨를 이번 회기 중에 사면했다. 제100회 총회가 설치한 특별사면위원회는 총회로부터 사면을 위임받았기 때문에 제101회 총회를 거치지 않고 사면하는 것이 절차상 맞다고 주장했다. 

지난 9월 12일 총회 임원회가 사면을 선포하자 장신대학교를 비롯한 교단 내 7개 신학대학교 교수들과 산하 노회들이 이단 사면 철회를 촉구하는 성명을 발표했고, 증경총회장들도 직접 나서 총회 임원들에게 경고를 보냈다. 

이후 총회 임원회는 성명을 통해 “제100회기 총회 임원회의 이단 관련 특별사면 관련 결의와 직전총회장 채영남 목사의 선포는 모두 원천무효 폐기하기로 하고 3년 동안 재론하지 않기로” 결의했다.

두날개선교회의 신학조사와 국내 6개 단체 및 교회 지도자를 이단으로 규정하려고 했던 예장합신총회도 총대들이 토론을 벌인 결과, 다루지 않거나 1년 더 연구하기로 결정했다. 인터콥을 교류 금지 대상으로 결정한 예장고신총회도 교단 내에서 중진들이 나서 반대입장을 표명하기도 했다.

이같은 현상에 대해 이단전문가들은 각 교단 이단사이비대책위원회의 전문성을 높여야 한다고 지적하고 있다. 또 이단 정죄를 신중히 해야 하며, 해제도 한 개의 교단이나 연합단체가 임의로 시도하는 일은 더 이상 반복돼서는 안 된다고 조언했다.

한국기독교이단상담소협회 회장 진용식 목사는 “이단 문제는 교회의 사역 현장에서 직접 부닥치고 교회를 깨뜨릴 수도 있는 신중한 사안”이라면서 “그런만큼 이단 규정도 해제도 절대 정치적으로 진행되어서는 안된다”고 강조했다. 진 목사는 “이단 규정은 깊은 연구와 여러 교단간의 공동작업으로 이뤄져야 하며, 특히 이단 해제는 더 말할 나위가 없다”고 설명했다.